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中国科学院是我国开展密码与信息安全研究、教育较早的单位，除了各研究所的专家个体研究之外，已形成规模结构的研究机构有"中国科学院数据与通信保护研究教育中心（DCS中心）"、"信息安全国家重点实验室"、中国科学院软件所"信息安全技术工程研究中心"、中国科学院计算所"信息安全联合实验室"、中国科学院数学与系统科学研究院"信息安全学研究中心"等。
一、中国科学院数据与通信保护研究教育中心（DCS中心）
该中心由中国科技大学研究生院于上个世纪80年代初筹建，现隶属于中国科学院研究生院，是国家密码管理委员会批准的商用密码研究定点单位，目前承担我国商用密码算法及其芯片的研制工作。
中心除了常规的研究生培养教育工作外，还为我国有关专业部门举办密码研究生班，培养了大量密码和信息安全专业骨干。
二、信息安全国家重点实验室
该重点实验室筹建于1989年，1991年通过国家验收并正式对外开放。由中国科学院主管，依托于中国科学院研究生院，中国科学院软件研究所参与共建。
实验室的主要目标是：为国家安全、经济建设和社会发展所需的信息安全保障提供科学依据，解决对国民经济发展起关键作用的科学问题，探索可能推动国民经济发展的可预见的有关信息安全问题；为国家或部门信息安全出谋划策，研制和开发具有自主版权的、关键的信息安全技术；为国家培养信息安全方面的高级专业人才，努力将实验室建设成国际一流的信息安全基地。
实验室拥有一支多学科交叉的研究队伍。自实验室建立以来，在科学研究、人才培养、学术交流、科研成果转化等方面取得了丰硕成果。先后发表学术论文600余篇，出版专著30多部；承担国家重点基础研究发展规划项目、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目、国家攻关项目、国家密码发展基金项目和省部级项目等百余项；推出多项安全产品，培养出百余名信息安全高级专业人才。实验室致力于开放研究，重视同国内外的学术交流与合作，已经与30多个国内高等院校和科研机构以及新加坡、美国、加拿大、韩国、日本等国的高等院校和科研机构建立了长期合作关系。
三、中国科学院软件所"信息安全技术工程研究中心"
该研究中心成立于1996年。中心的行政管理隶属于中国科学院软件研究所。中心的工作方针是"核心技术立足于我，国外技术为我所用"。中心以发展自主版权的信息安全产品和技术为目标，以市场为导向，研制和开发政府部门、金融和商业等领域的信息安全产品。中心自主研制开发信息安全关键技术，为维护国家利益和敏感信息服务。承担国家、行业和地方的重大信息安全项目；培养信息安全领域的工程、技术和管理人材。
目前承担的科研项目主要有：中科院知识创新重大项目--网络核心技术和保障体系；973项目--信息与网络安全体系研究；中科院知识创新方向性项目；《"结构化保护级"安全操作系统》、自然基金等项目。推出的安全产品有：防火墙、网络安全检测、入侵检测、强身份认证等系统以及安全操作系统、分组密码算法QC等
几年来中心主办、组织的学术会议有："第一届中国信息和通信安全学术会议"、"第16届信息安全国际会议(IFIP/SEC200)"、"第三届国际信息与通信安全会议(ICICS'01)"、
"中国科学院信息与通信安全学术研讨�"以及2003年的 "第五届国际信息与通信安全会议(ICICS'03)"
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四、中国科学院计算所"信息安全联合实验室"
实验室的宗旨是致力于网络系统和数字安全的理论、技术及解决方案之研究，为中国的互联网及其应用提供全面的安全理论、技术支持。
实验室的研究范围是： 密码学基础理论；数字安全技术及应用；系统安全技术及应用；数字安全与系统安全的策略及实施方案等。
五、中国科学院数学与系统科学研究院"信息安全学研究中心"
该研究中心是中国科学院数学与系统科学研究院根据中国科学院在新时期的办院方针而组建的，目的是为了进一步发挥自身的优势、更好地开展信息安全的理论研究和成果应用开发、提高我国在这方面研究的整体水平。
研究中心的主要研究领域包括：现代密码学、纠错编码理论和信息处理理论等。
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